Τα εκπαιδευτικά προγράμματα του Εβραϊκού Μουσείου Ελλάδος στόχο έχουν να φέρουν τα παιδιά σε επαφή με την πολιτιστική κληρονομιά και την ιστορία του ελληνικού εβραϊσμού, βοηθώντας στην ανάπτυξη της διαπολιτισμικής τους ευαισθησίας. Για να γίνει αυτό με τρόπο ευχάριστο που να ενεργοποιεί τη δημιουργικότητά και την κριτική τους ικανότητα, χρησιμοποιούνται εναλλακτικοί τρόποι παρουσίασης, όπως βιωματική προσέγγιση, θέατρο, μουσική και κατασκευές.
Τα προγράμματα απευθύνονται σε παιδιά και νέους ως 18 ετών και διαφοροποιούνται ανάλογα με την ηλικία και τις γνώσεις της κάθε ομάδας. Για την καλύτερη επιτυχία του κάθε προγράμματος, αποστέλλεται στους εκπαιδευτικούς ειδικό εποπτικό υλικό, ώστε να προετοιμάσουν τους μαθητές τους πριν την επίσκεψη.
Τα θέματα των προγραμμάτων αντιστοιχούν στις θεματολογικές ενότητες της μόνιμης συλλογής του Μουσείου, όπως Συναγωγή, Εβραϊκές Γιορτές, κ.τ.λ. ενώ δημιουργείται ιδιαίτερο πρόγραμμα για κάθε περιοδική έκθεση. Κάθε πρόγραμμα είναι αυτοτελές, προσφέροντας έτσι τη δυνατότητα στους δασκάλους να επισκεφθούν το Μουσείο περισσότερες από μία φορές.
Ιδιαίτερη προσοχή δίνεται σε προγράμματα ειδικά σχεδιασμένα για τα παιδιά εβραϊκών κοινοτήτων πόλεων στις οποίες δεν υπάρχουν εβραϊκά σχολεία. Στα παιδιά προσφέρεται ιδιαίτερο εκπαιδευτικό πρόγραμμα, ενώ οι γονείς τους ξεναγούνται στο Μουσείο.
Το Ε.Μ.Ε. συχνά συνεργάζεται με άλλα μουσεία (όπως π.χ. με το Παιδικό Μουσείο, στο πρόγραμμα Πάσχα-Πέσαχ) ενώ έχει εκδόσει βιβλία με εικονογραφημένα παραμύθια, που παρουσιάζουν πτυχές της εβραϊκής ιστορίας και παράδοσης. Το Μουσείο επίσης συντονίζει τις δραστηριότητες του Συλλόγου Νέων Φίλων, ενός πυρήνα νεαρών εθελοντών, οι οποίοι βοηθούν στη διεκπεραίωση των εκπαιδευτικών δραστηριοτήτων.
Στα προτεινόμενα προγράμματα του Ε.Μ.Ε. περιλαμβάνονται και ειδικά σχεδιασμένες μουσειοσκευές. Περιέχουν ενημερωτικό και οπτικοακουστικό υλικό, αντίγραφα αντικειμένων και φάκελο δραστηριοτήτων πάνω σε θέματα που αφορούν τις μόνιμες συλλογές που Ε.Μ.Ε. ή σε συνάρτηση με κάποια από τις περιοδικές του εκθέσεις. Ο κάθε ενδιαφερόμενος φορέας μπορεί να τις δανειστεί και να τις χρησιμοποιήσει, δημιουργώντας δραστηριότητες για τα παιδιά ή μικρές εκθέσεις μέσα στην τάξη.
